La Chiesa di San Giuseppe fu eretta nel 1504 come oratorio della Confraternita della Beata Concezione del Gonfalone ma fu nel 1598 che la chiesa assunse l’attuale aspetto in seguito a un ampliamento.

La facciata, realizzata originariamente nel 1593, venne rifatta in stile barocco nel 1725 su disegno dell’artista varesino Giovanni Antonio Speroni.

La pianta è un’aula rettangolare con abside. Il coro, affrescato da Giovan Battista Ronchelli con “Le storie di San Giuseppe”, è separato dalla chiesa pubblica da un’iconostasi in legno, con ventisette pregevoli stalli intagliati.

La chiesa è decorata al suo interno da numerosi affreschi e stucchi realizzati nel corso del Seicento e restaurati nel maggio 1992: tra gli affreschi vi sono sulla parete sinistra “Le Storie di Adamo ed Eva” di Antonio Rancati risalente alla metà del XVII secolo e sulla parte centrale del coro “L’Immacolata Concezione” attribuita a Giulio Cesare Procaccini (1607-1675); nella volta del coro invece si trova lo stemma della Confraternita della Beata Concezione e del Gonfalone realizzato in stucco bianco e dorato tra il XVII e il XVIII secolo.