Il Santuario della Madonnina in Prato di Varese venne menzionato per la prima volta dall’allora arcivescovo di Milano Carlo Borromeo nella sue visite pastorali del 1574.

L’edificio presenta una raffinata facciata barocca realizzata a posteriori tra il 1678 e il 1686 in pietra arenaria di Viggiù, pietra estratta dalle cave della Val Ceresio, in provincia di Varese.

In cima alla facciata è stata posta una statua della Madonna Immacolata ai cui lati si trovano due vasi decorativi e due angeli musici; nelle due nicchie si trovano le statue di San Gioacchino, padre della Beata Vergine Maria, e di San Giuseppe.

All’interno l’affresco della “Madonnina in Prato” è contornato da una severa cornice lignea e rappresenta la Beata Vergine Maria seduta su un trono dalla spalliera riccamente decorata e con in grembo il suo divino infante, il quale regge nella mano destra un piccolo globo segnato da una croce.

L’altare, costruito nel Settecento, è fatto di preziosi marmi policromi e riporta in piccolo l’altare maggiore della Basilica di San Vittore a Varese.

La cupola è affrescata ai quattro angoli con le figure dei profeti che hanno parlato di Maria, Michea, Baruch, Geremia e Osea, mentre al centro si trova il Divin Padre con la corona della Gloria e Gesù Cristo che attende sua Madre mentre, sorretta dagli angeli, sale in cielo.